Laman

Follow by Email

Minggu, 11 Desember 2011

PROPOSAL DETEKSI VIRUS VNN DENGAN PCR PADA KERAPU

1. PENDAHULUAN
1.1 Latar Belakang
Perikanan saat ini mulai berkembang, bukan hanya perikanan darat dan payau akan tetapi perikanan laut juga saat ini semakin berkembang. Ikan kerapu merupakan salah satu komoditas perikanan laut yang memiliki nilai ekonomis yang tinggi dengan banyaknya permintaan dipasaran. Namun budidaya ikan kerapu saat ini sedang mengalami kendala akibat adanya serangan penyakit infeksi Viral Nervous Necrosis (VNN) dengan tingkat kematian yang tinggi. Melihat kondisi tersebut perlu adanya usaha untuk menanggulangi infeksi ataupun penyebaran dari virus ini, salah satunya dengan cara pendeteksian awal adanya virus ini.
Balai Budidaya Laut Lombok salah satu Balai yang saat ini sedang melakukan pendeteksian virus VNN menggunakan metode PCR yang dilakukan secara rutin. Metode PCR merupakan metode untuk memperbanyak molekul DNA dengan ukuran tertentu secara enzimatik melalui mekanisme perubahan suhu (Sulandari, 2003). Dengan metode ini dapat diperoleh pelipatgandaan suatu sekuen DNA dalam genom virus yang mana hanya dengan mencampurkan kulturnya di dalam tabung PCR. Sehingga dari jaringan tubuh ikan yang sakit dapat diketahui jenis organisme patogen yang menyerangnya.
Melihat pentingnya metode PCR dalam pendeteksian virus maka penguasaan teknologi ini dinilai merupakan hal yang penting, yang kegiatannya diusulkan melalui proposal Praktek Kerja Lapangan dengan judul “Analisa Virus VNN Pada Ikan Kerapu Dengan Menggunakan Metode PCR Dibalai Budidaya Laut Lombok, Sekotong Lombok Barat”.



1.2 Tujuan
Tujuan dari pelaksanaan Praktek Kerja Lapang (PKL) ini adalah untuk mengetahui cara menganalisa virus VNN yang biasa menyerang pada ikan kerapu dengan menggunakan metode PCR dan mengetahui permasalahan dalam menggunakan metode tersebut.
1.3 Manfaat
Manfaat yang didapat dari pelaksanaan Praktek Kerja Lapang (PKL) antara lain:
a)      Dapat menambah ilmu pengetahuan dan pengalaman dalam bidang penyakit ikan khususnya dalam proses analisis pendeteksian virus.
b)      Dapat menambah ilmu pengetahuan dan pengalaman dalam menggunakan teknik PCR.
c) Dapat dimanfaatkan oleh lembaga perguruan tinggi sebagai bahan kajian untuk mengembangkan riset dalam penanggulangan virus pada ikan.


2. TINJAUAN PUSTAKA
2.1 Penyakit Pada Ikan
Penyakit ikan biasanya timbul berkaitan dengan lemahnya kondisi ikan yang diakibatkan oleh beberapa faktor yaitu antara lain penanganan ikan, faktor pakan yang diberikan, dan keadaan lingkungan yang kurang mendukung. Pada padat penebaran ikan yang tinggi jika faktor lingkungan kurang menguntungkan misalnya kandungan zat asam dalam air rendah, pakan yang diberikan kurang tepat baik jumlah maupun mutunya, penanganan ikan kurang sempurna, maka ikan akan menderita stress.Dalam keadaan demikian ikan akan mudah terserang oleh penyakit (Sarig, 1971).
Bell (1978) mengemukakan bahwa ada tiga kemungkinan penyebab kematian populasi ikan di kolam atau di perairan lain, yaitu stress lingkungan atau keracunan, infeksi mikroba (virus, bakteri, protozoa, dan fungi), dan infeksi metazoa (coelenterate, cestoda, nematoda, acantocephala, crustacea, dan lain-lain). Stress mencakup semua spesies ikan dan dari semua kelompok umur. Infeksi mikroba ditandai dengan adanya radang atau luka di bagian luar (eksternal) atau bagian dalam (internal) tubuh ikan, pendarahan subkutan, pembengkakan, luka, perubahan warna ikan insang yang pucat dan filamen yang rusak, sirip-sirip yang cabik, insang atau kulit ditutupi oleh mucus (lendir), dan lain-lain. Infeksi mikroba biasanya hanya terjangkit pada satu spesies dan kematian satu spesies dan kematian biasanya berjalan relatif cepat. Infeksi metazoa, baik yang bersifat ekto maupun yang endoparasit, biasa keduanya dapat dilihat dengan mata telanjang. Efek yang bersifat sublethal berkembang lambat, dan kematian juga lambat. Biasanya hanya satu spesies ikan yang terjangkit, dan kadang-kadang dari satu kelompok umur saja.

2.2 Penyakit yang Menyerang Ikan Kerapu
Dalam budidaya ikan, termasuk budidaya ikan kerapu penyakit ikan dapat mengakibatkan kerugian ekonomis. Penyakit pada ikan kerapu dibagi menjadi penyakit noninfektif dan infektif. Penyakit noninfektif tidak menyebabkan infeksi dan tidak menular namun tetap menjadi masalah penting karena penyakit noninfeksi ini dapat membuka peluang terjadinya perkembangan penyakit infeksi. Sedangkan penyakit infeksi disebabkan oleh patogen yang mana dapat menular. Penyakit infektif diantaranya penyakit bintik putih yang disebabkan oleh parasit Cryptocaryon sp, penyakit gatal oleh parasit Trichodina sp, penyakit piscicolasis oleh parasit Piscicola sp sejenis lintah, penyakit diplectanumiosis yang disebabkan oleh parasit cacing  jenis Diplectanum, penyakit kerusakan sirip oleh bakteri dari jenis Mycobacter sp, penyakit pendarahan pada mata oleh bakteri jenis Streptococcus sp, sindrom gelembung renang, jamur yang umumnya merupakan infeksi sekunder, dan yang paling mematikan penyakit yang disebabkan oleh virus dimana masih belum ditemukan obat yang cocok untuk memberantasnya. Salah satunya yakni Viral Nervous Necrosis atau VNN dimana pada umumnya menginfeksi stadia larva sampai yuwana dan menyerang sistem organ syaraf mata dan otak yang ditandai dengan gejala yang cukup spesifik karena ikan menampakan tingkah laku berenang yang tidak normal dan umumnya ikan berdiam di dasar (Kordi, 2007).
2.3 Viral Nervous Necrosis
Viral Nerveus Necrosis (VNN) (istilah alternatif: virus encephalopathy dan retinopathy (VER) adalah penyakit yang terdaftar oleh The Office International des Epizooties (OIE), menjadi masalah utama di dalam produksi perikanan laut di dunia. Identifikasi virus penyebab VNN ini adalah anggota family Nodaviridae diperoleh dengan menyelidiki asam nukleat dan protein struktural dari larva virus Pseudocaranx dentex. Keluarga Nodaviridae terdapat dua jenis yaitu jenis Alphanodavirus dan Betanodavirus, kedua jenis ini sangat ganas dalam menginfeksi ikan. Betanodaviruses (family Nodarideae) adalah agen penyebab serangan viral nerveus necrosis (VNN) pada budidaya ikan laut. Betanodaviruses adalah virus kecil, berbentuk bola, tidak punya kapsid dengan genome yang terdiri atas dua ikatan tunggal (Yukio, 2007).
Betanodaviruses adalah agen peyebab serangan viral nerveus necrosis (VNN) pada budidaya ikan laut. Otak ikan dan jaringan lain hewan invertebrate telah diuji dengan Reverse Transcriptase Polymerase Chain Reaction (RT-PCR) dengan tujuan untuk mendeteksi betanodavirus. Hasil positif uji PCR diperoleh dari otak 8 jenis ikan laut (shrimp fish Aeoliscus strigatus, milkfish Chanos chanos, three spot damsel Dascyllus trimaculatus, Japanese anchovy Engraulis japonicus, pinecone fish Monocentris japonica, blue ribbon eel Rhinomuraena quaesita, look down fish Selene vomer, yellow tang Zebrasoma flavesenes), 1 jenis invertebrate laut (spiny lobster Pamulirus versicolor), dan 2 jenis ikan air tawar (South American leaf fish Monocirrhus polyacanthus and red piranha Pygocentrus nattereri). Tingkat pendeteksian PCR adalah 11/237 (4.64%). Secara subklinik dan ikan dalam akuarium terkena infeksi dan invertebrate berdasarkan sumber inoculum betanodaviruses (Anonim, 2011).
2.4 Transmisi dari VNN
Transmisi  dari virus ini dapat terjadi secara vertikal dan horizontal. Transmisi VNN secara vertical, dapat menyebar dari induk ke larva. Telur adalah suatu sumber  virus yang penting. VNN dapat dideteksi ada pada gonad, usus, perut, ginjal dan hati sebagai tempat inang mengeram. VNN menyebar dalam indung telur sehingga telur dapat menyebabkan transmisi vertikal dari virus ini. Kebiasaan makan dan makanan dari ikan dapat juga menjadi sarana penyebaran virus VNN  baik itu antar spesies (Inter-Species) maupun sesama spesies (Intra-Species) baik secara klinis atau secara subklinik sehingga menyerang ikan. Organisme sebagai makanan hidupnya yang terkontaminasi VNN seperti pada Artemia, Copepoda, dan Ikan rucah sebagai pakan hidup ikan kerapu. Perilaku sebagai ikan karnivora misalnya pada masa larva ikan grouper (kerapu) juga menjadi alternatif dari penyebaran virus VNN tersebut. Transmisi VNN secara horizontal pada populasi ikan liar pada area budidaya aquakultur dan ikan-ikan liar di laut pernah diketahui terkena infeksi VNN dengan genotype RGNNV. Transmisi secara horisontal juga dapat melalui ikan yang tidak punya gejala terkena infeksi VNN (Anonim, 2011).
2.5 Gejala Ikan yang Terserang VNN
Gejala klinis umum VNN pada beberapa jenis ikan antara lain perilaku ikan terserang berenang tak menentu, dan ikan mengapung dengan perut diatas disebabkan oleh pembengkakan gelembung renang (swim bladder), warna tubuh terlihat lebih gelap dan selera makan berkurang. Kematian (mortalitas) kumulatif mencapai 34% dan 56% selama 10 minggu. Ikan yang terkena infeksi VNN biasanya memperlihatkan keadaan gangguan saraf yang berhubungan dengan vacuolisasi (kerusakan) kuat sistem nerves pusat dan retina (Thie´ry, et. all, 2006).
2.6 Diagnosa Virus
Saat ini telah dikembangkan berbagai metode diagnosis virus diantaranya metode konvensional seperti histopatologi, dotblot, hibridisasi, in situ dan PCR dan RT-PCR. Metode diagnosis dengan PCR mungkin merupakan salah satu metode yang cepat dan menjanjikan tingkat akurasi yang tinggi dibandingkan metode lain. Sampel dapat disiapkan dalam awetan alkohol 70% dalam potongan kecil (0,5 cm), untuk PCR dan penggunaan formalin 10% untuk pemeriksaan histopatologi (Nguyen, 1997).
Beberapa sistem diagnosa yang efektif dari VNN antara lain:
a. Berdasarkan Asam Nukleat misalnya RT-PCR dan PCR serta Hibridisasi secara in situ.
b. Berdasarkan Protein misalnya IFA, penandaan IHC, ELISA, Western Blot dan One-step Immunochromatography.
c. Berdasarkan Virion misalnya Kultur Sel (Chi, 2006).
2.7 Polymerase Chain Reaction
Reaksi berantai polimerase (Polymerase Chain Reaction, PCR) adalah suatu metode enzimatis untuk melipatgandakan secara eksponensial suatu sekuen nukleotida tertentu dengan cara in vitro. Metode ini pertama kali dikembangkan pada tahun 1985 oleh Kary B. Mullis seorang peneliti di perusahaan CETUS Corporation. Metode ini sekarang telah banyak digunakan untuk berbagai macam manipulasi dan analisis genetik. Pada awal perkembangannya metode ini hanya digunakan untuk melipatgandakan molekul DNA, tetapi kemudian dikembangkan lebih lanjut sehingga dapat digunakan pula untuk melipatgandakan dan melakukan kuantitasi molekul mRNA (Yuwono, 2006).
Polymerase Chain Reaction (PCR) adalah cara in vitro untuk memperbanyak target sekuen spesifik AN untuk analisis cepat atau karakterisasi, walaupun material yang digunakan pada awal pemeriksaan sangat sedikit. Pada dasarnya PCR meliputi tiga perlakuan yaitu:denaturisasi, hibridisasi dari "primer" sekuen DNA pada bagian tertentu yang diinginkan, diikuti dengan perbanyakan bagian tersebut oleh Tag polymerase; dikerjakan dengan mengadakan campuran reaksi dalam tabung mikro yang kemudian diletakkan pada blok pemanas yang telah diprogram pada seri temperatur yang diinginkan (Prijanto, 1992).
2.8 Prinsip Kerja PCR
Reaksi pelipatgandaan suatu fragmen DNA dimulai dengan melakukan denaturasi DNA template (cetakan) sehingga rantai DNA yang berantai ganda akan terpisah menjadi rantai tunggal. Denaturasi DNA dilakukan dengan menggunakan panas (950C) selama 1-2 menit, kemudian suhu diturunkan menjadi 550C sehingga primer akan “menempel” (annealing) pada cetakan yang telah terpisah menjadi rantai tunggal. Primer akan membentuk jembatan hidrogen dengan cetakan pada daerah sekuen yang komplomenter dengan sekuen primer. Suhu 550C yang digunakan untuk penempelan primer pada dasarnya merupakan kompromi. Amplifikasi akan lebih efisien jika dilakukan pada suhu yang lebih rendah (370C) tetapi biasanya akan terjadi mispriming yaitu penempelan primer pada tempat yang salah. Pada suhu yang lebih tinggi (550C) spesifisitas reaksi amplifikasi akan meningkat, tetapi secara keseluruhan efisiensinya akan menurun. Reaksi ini dilakukan berulang-ulang sampai 25-30 kali (siklus) sehingga pada akhir siklus akan didapatkan molekul-molekul DNA rantai ganda yang baru hasil polimerasi dalam jumlah yang jauh lebih banyak dibandingkan jumlah DNA cetakan yang digunakan (Yuwono, 2006).
2.9 Komponen PCR
Ada 2 komponen terpenting dari reaksi PCR, yaitu sekuen DNA pendek atau sisi area yang akan dikopi. Tindakan utama adalah untuk mengidentifikasi atau menentukan target dari cetakan DNA yang akan dikopi. Yang mengendalikan reaksi PCR adalah oligonukleotida yang diciptakan secara kimiawi dan ditambahkan dalam konsetrasi yang tinggi ke dalam cetakan DNA. Beberapa pengetahuan tentang rangkaian DNA yang tercetak dibutuhkan untuk rangkaian primer yang sesuai. Komponen lain dari reaksi PCR terdiri dari kerangka DNA yang akan dicetak, membangun blok dengan membentuk ke empat nukleutida, dan DNA polimerase bergabung dengan blok pada dasar dari rangkaian kerangka DNA. Ketika menset sample yang berisi beberapa primer dan reaksi komponen, ini biasa untuk mempersiapkan campuran sempurna yang dapat memberikan kuantitas sama pada PCR lain. Prosedur ini membantu untuk memastikan adanya homogenitas di antara sampel-sampel. Dalam melakukan percobaan terhadap sampel yang berbeda-beda, utamanya harus memeriksa variasi dari sampel DNA dengan tidak ada perbedaan pada reaksi komponen dan cara pengolahan sampel (Anonim, 2011).
Empat komponen utama pada proses PCR adalah (1) DNA cetakan, yaitu fragmen DNA yang dilipatgandakan, (2) oligonukleotida primer yaitu suatu sekuen oligonukleotida pendek (15-25 basa nukleotida) yang digunakan untuk mengawali sintesis rantai DNA, (3) deoksiribonukleotida trifosfat (dNTP) terdiri atas dATP, dCTP, dGTP, dTTP, dan (4) enzim DNA polymerase yaitu enzim yang melakukan katalisis reaksi sintesis rantai DNA. Komponen lain yang juga penting adalah senyawa buffer (Yuwono, 2006).



3. CARA PELAKSANAAN
3.1 Tempat dan Waktu
Kegiatan Praktek Kerja Lapang ini dilaksanakan pada bulan Oktober hingga November di Balai Budidaya Laut Lombok (BBLL) Sekotong Lombok Barat.
3.2 Metode Praktik Kerja Lapangans
             Metode yang digunakan dalam pengumpulan data yakni dengan metode deskriptif dimana pengumpulan data dilakukan dengan cara :
1.      Observasi
Praktek Kerja Lapang dilakukan dengan cara observasi langsung terhadap kegiatan-kegiatan di BBL Sekotong yang berkaitan dengan analisa virus dengan PCR. Diharapkan dari observasi ini dapat diperoleh gambaran mengenai cara analisa virus dengan PCR khususnya virus VNN yang biasa menyerang ikan kerapu.
2.      Partisipasi
Praktek Kerja Lapang dilakukan dengan ikut berpartisipasi langsung pada setiap kegiatan yang berkaitan dengan tujuan dari pelaksanaan Praktek Kerja Lapang. Partisipasi ini mulai dari: 1).Ikut serta dalam setiap kegiatan pemeriksaan terhadap ikan yang terindikasi terserang penyakit; 2). Ikut serta dalam kegiatan analisa virus yang khususnya menggunakan PCR.
3.      Wawancara
Wawancara dilakukan kepada pimpinan BBL Sekotong berserta staf, coordinator teknisi, teknisi lapangan, teknisi lab serta semua pihak yang berkompeten secara langsung maupun tidak langsung terhadap pelaksanaan Praktek Kerja Lapang (PKL) yang dilakukan. Wawancara ini bertujuan untuk mengumpulkan data primer terkait dengan materi kegiatan Praktek Kerja Lapang.

4.      Studi Literatur
Studi literatur diperlukan untuk mendukung kegiatan selama berlangsungnya kegiatan PKL. Data–data yang dikumpulkan dilampirkan dalam Lampiran 1. meliputi data primer dan data sekunder yaitu:
1). Data Primer
Data Primer diperoleh melalui pengamatan (observasi) langsung di lapangan dan melakukan wawancara secara mendalam (interview) dengan pihak-pihak yang berkaitan langsung dengan kegiatan pembenihan tersebut.
2). Data Sekunder
Data sekunder yaitu data yang diperoleh dari berbagai majalah, jurnal, data statistik, artikel, dan lain-lain yang merupakan data pendukung pelaksanaan kegiatan Praktek Kerja Lapangan.
3.3 Analisis Data
            Data yang diperoleh dianalisis secara deskriptif dengan menjelaskan semua hasil kegiatan secara rinci dan jelas disertai dengan pembahasan. Pembahasan berdasarkan wawancara dan studi literature sehingga memberikan informasi yang lengkap tentang kegiatan PKL yang dilakukan.
3.4 Jadwal Pelaksanaan
No.
Kegiatan
Minggu ke -
1
2
3
4
1.
Survei Lapangan dan Persiapan




2.
Pengumpulan Data dan Partisipasi




3.
Penyusunan Laporan




4.
Lain-lain







BAB IV. DESKRIPSI LOKASI PKL
4.1. Sejarah Singkat Balai Budidaya Laut Lombok
            Balai Budidaya Laut Lombok pada awalnya di tahun 1992 merupakan salah satu stasiun pengembangan Balai Budidaya Laut Lampung. Dibangun di Pesisir Teluk Gerupuk, DesaSengkol, Kecamatan Pujut, Kab. Lombok Tengah NTB. Stasiun ini diharapkan dapat menginventarisir dan mengembangkan budidaya laut di kawasan tengah Indonesia. Pada tahun 1994, status stasiun meningkat menjadi Loka Budidaya Laut Lombok. Seiring dengan lahirnya Departemen Eksplorasi Laut dan Perikanan, Loka Budidaya Laut berada dibawah pembinaan Direktorat Jenderal Perikanan Budidaya memperoleh peningkatan anggaran dan penambahan sarana produksi di Dusun Gili Genting, Desa Sekotong Barat, Kec. Sekotong, Kab. Lombok Barat. Perubahan nama menjadi Departemen Kelautan dan Perikanan, memperjelas tugas dan fungsi Loka Budidaya Laut Lombok sebagai Unit Pelaksana Teknis bidang pembudidayaan ikan laut dengan wilayah kerja meliputi seluruh propinsi di Kalimantan, Jawa, Bali, NTB dan NTT, dibawah pembinaan dan bertanggung jawab kepada Direktorat Jenderal Perikanan Budidaya. Pada tahun 2006, status Loka Budidaya Laut Lombok meningkat menjadi Balai Budidaya Laut Lombok.
 





Gambar 1. Balai Budidaya Laut Lombok
4.2. Kondisi Umum Lokasi
            Balai Budidaya Laut Lombok terletak di daerah Lombok Barat, tepatnya di wilayah Sekotong Barat yaitu Dusun Gili Genting, Desa Sekotong Barat, Kecamatan Sekotong, Kabupaten Lombok Barat, Propinsi Nusa Tenggara Barat. Posisi geografis terletak pada 115º46’ - 116º28’ BT dan 8º12’ - 8º55’ LS dengan ketinggian tempat 5 meter yang diukur dari permukaan air laut (topografi). Jarak antara Balai Budidaya Laut dengan Ibu Kota Provinsi (Mataram) sekitar ± 50 km.
 








\
Gambar 2. Pulau Lombok
            Lokasi  Balai  Budidaya  Laut  Lombok  memilki  batas-batas  wilayah  sebagai berikut :
Ø  Sebelah Timur       : Balai Pengembangan Budidaya Perairan Pantai (BPBPP)    Dinas Perikanan dan Kelautan Provinsi NTB dan Dusun Pengawisan.
Ø Sebelah Barat         : Dusun Gili Genting.
Ø Sebelah Utara         : Laut Selat Lombok.
Ø Sebelah Selatan      : Desa Kedaru.
tt






Gambar 3. Lokasi BBL Lombok Stasiun Sekotong
            Balai Budidaya Laut Lombok terletak di perairan Teluk Sekotong, dimana kondisi perairan dikawasan tersebut masih cukup bersih dan jernih, memiliki karang berpasir, salintas 32 – 35 ppt, suhu perairan rata-rata 28,4ºC dan pH 7 – 7,9.
            BBL Lombok stasiun Sekotong arealnya seluas 1,9 hektar. Dari luasan tersebut digunakan untuk bangunan produksi, bangunan sarana penunjang dan sarana pelengkap lainnya. Luasan tersebut juga digunakan untuk berbagai kegiatan produksi yaitu pembenihan pendederan, pemeliharaan dan pemijahan induk ikan kerapu; pembenihan, pendederan dan pembesaran abalone dan tiram mutiara, pendederan dan pembesaran kakap dan bawal serta produksi pakan alami; laboratorium hama penyakit dan kesehatan lingkungan. Fasilitas yang tersedia baik indoor maupun outdoor adalah hatchery, karamba jaring apung, long line, perpustakaan, sarana olah raga, asrama dan perumahan karyawan. Fasilitas utama yang tersedia di BBL Lombok merupakan fasilitas yang digunakan untuk menunjang kegiatan pembenihan dan pembesaran serta penyediaan pakan alami.
4.3.  Stuktur Organisasi
Balai Budidaya Laut Lombok Sekotong dipimpin oleh kepala balai yang mana bertanggung jawab langsung kepada Direktorat Jenderal Perikanan yang mengontrol semua jabatan  baik itu Tata Usaha, Pelayanan Teknik, Standarisasi dan informasi dan Fungsional. Di bawah Kepalai Balai ada Kasubag Tata Usaha yang mengurusi tentang Pelaksana Keuangan dan Pelaksanan Umum. Kasi Standarisasi dan Informasi berada langsung di bawah Kepalai Balai yang mengkordinir 3 bagian yakni Pengelola Perpustakaan, Pelaporan dan Publikasi, Dokumentasi dan Informasi. Di bawah Kepala Balai juga terdapat Kasi Pelayanan Teknik yang mana menkordinir Diseminasi dan Informasi beserta Administrasi Pelayanan Teknik. Setelah itu ada Koordinator Jabatan Fungsional yang mengkordinir Divisi Fin Fish, Divisi Non Fin Fish, Divisi Pakan Alami, Divisi Lab Kesling, dan Divisi Rumput Laut. Skema struktur organisasi di BBL Lombok dilampirkan pada Lampiran 2.
4.4.  Tenaga Kerja
            Berdasarkan SK menteri Kelautan dan Perikanan Nomor 47 Tahun 2002, struktur organisasi Balai Budidaya Laut Lombok dikepalai oleh Kepala Balai Ir. H. Sarifin, MS yang bertanggungjawab penuh atas hasil yang dikerjakan oleh para pegawai yang telah diberikan tugas dan tanggungjawab masing-masing.
Tabel 1. Daftar Pegawai Balai Budidaya Laut Lombok Sekotong
No
Nama
Gol/Ruang
Jabatan
1
Ir. H. Sarifin, MS.
IV/a
Kepala Balai
2
Ir. Sunarty
III/d
Pengawas Benih Ikan Muda
3
Rusman H. S.Pi, M.Si
III/c
Ca.Pengawas Pembudidaya Ikan
4
Bagja Irwansyah, S.Pi
III/d
Kasubag Tata Usaha
5
Bayu Priyambodo, S.Pi, M.Si.
III/c
Kasi Standarisasi dan Informasi
6
M. Tahang, S.St.Pi
III/b
Perekayasa Muda
7
Mustapa, S.Pi
III/a
Bendahara
8
Hery Setyabudi, S.Pi
III/b
Perekayasa Pertama
9
Arsyad Sajangka, S.Pi
III/b
Perekayasa Pertama
10
Sarwono, S.St.Pi
III/b
Perekayasa Muda
11
Woro K.P, S.Pi
III/b
Calon Perekayasa
12
Zainuddin, S.Pi, MP
III/c
Pengawas Benih Ikan Muda
13
Mochamad Amiri, S.Pi
III/a
Perekayasa Pertama
14
Bq. Shafiah, S.St.Pi
III/a
Calon Pengawas Budidaya
15
Aang Guntur J.A, SH
III/a
Pranata Hukum
16
Joko Santosa, S.K.H
III/a
Calon PHPI
17
Pramularsih Ari W., S.Si
III/a
Calon PHPI
18
Afni Isriani, A.Md
II/c
Calon Pengawas Benih
19
Ekky Nidyananda, A.Md
II/c
Calon PHPI
20
Taufan Haryono
II/a
Teknisi Litkayasa Pelaksana Muda
21
Ni Luh Anggra L., S.St.Pi
III/a
Perekayasa Pertama
22
Nurhasanah S.
II/d
Pengawas Benih Ikan Pelaksana
23
Titik Hartani
II/d
Pengawas Benih Ikan Pelaksana
24
Wildan
II/d
Pengawas Benih Ikan Pelaksana
25
Bangun
II/d
Pelaksana Pembesaran Ikan Kerapu
26
Aprisanto D. L., A.Md
II/d
Teknisi Litkayasa Pelaksana
27
Imron Nurkolis, A.Md
II/d
Teknisi Litkayasa Pelaksana
28
Renni K. Bakti, A.Md
III/d
Tenaga Fungsional Tertentu
29
Mohammad Imanuddin
III/d
Teknisi Litkayasa Pelaksana Pemula
30
Arif Supriyanto
II/d
Pelaksana Pakan Alami
31
Muhammad Rizal
II/b
Teknisi Litkayasa Pelaksana
32
Andry Arfiyanto
II/b
Teknisi Litkayasa Pelaksana
33
Suherlan Ahmad S.
II/b
Calon Pengawas Benih Ikan
34
Reman
II/a
Calon Pengawas Benih Ikan
35
Ni Made Widya I.
II/a
Calon Pengawas Benih Ikan
36
Abu Abas
II/a
Calon Pengawas Benih Ikan
37
Libuh
II/a
Calon Pengawas Benih Ikan
38
Ngurah Sedana Y., S.Pi, M.si
III/d
Perekayasa Muda
39
Luluk Widiyanti, S.Pi, MP
III/c
PHPI Muda
40
Supriadi, S.Pi
III/a
Pengawas Perikanan
41
Zaenah
III/a
Petugas SAKPA
42
I Komang Widiana, S.Si
III/a
Tenaga Teknisi
43
Dony Prastowo, S.Pi
III/a
Calon Perekayasa
44
M. Hidayat, S.St.Pi
III/a
Calon Pengawas Budidaya
45
Rusmini
III/a
Pengelola Persuratan dan Pengagendaan
46
Setiasari Palupi, A.Md
II/d
Calon Pengawas Benih Ikan
47
Sukriadi
II/d
Pelaksana Pembenihan
48
Minde
II/c
Pengelola Perpustakaan
49
Ade Yana
II/b
Pelaksana Pembenihan Abalon
50
Landra Wijaya
II/b
Calon Teknisi Litkayasa
51
Ahing
II/a
Calon Pengawas Benih Ikan
52
Desy S. Lestari, S.AP
III/a
Penyiap Bahan Rumusan
53
Moh. Budianto, A.Md
II/c
Calon PHPI
54
Gagan Garnawansah, S.Pi
III/a
Calon Perekayasa
55
M. Nurul Huda, A.Md
II/c
Calon Litkayasa Bidang Bud. Ikan
Sumber : Tata Usaha BBL Lombok, 2011
            Jenjang pendidikan tenaga kerja di BBL Lombok dinyatakan dalam persentase di bawah ini :
·         S2        :
·         S1        : 33%
·         D3       : 18%
·         SMA   : 38%
Selain pegawai yang ada, kegiatan budidaya di BBL Lombok juga dibantu oleh tenaga honorer yang mana berjumlah 16 orang.  Dimana persentase dari jumlah total pegawainya yakni  22 %. Kegiatan produksi yang dilakukan di BBL Lombok yaitu penyediaan telur ikan, benih ikan dan pakan alami yang diperuntukkan bagi kegiatan usaha di BBL Lombok sendiri. Benih dari hasil pembenihan di BBl Lombok didistribusikan ke berbagai daerah antara lain : Nusa Tenggara Barat, Nusa Tenggara Timur, Sumbawa, Bali, Lampung, Aceh, Batam, Tangerang, Kalimantan Timur dan Sulawesi.
            Adapun tugas pokok dan fungsi dari BBL Lombok ini, berdasarkan Peraturan Menteri Kelautan dan Perikanan No. PER.10/2006 mempunyai tugas pokok yaitu melaksanakan penerapan teknik pembenihan dan pembudiadayaan ikan laut serta pelestarian sumberdaya induk/benih ikan laut dan lingkungan. Dalam melaksanakan tugasnya, BBL Lombok ini  juga menyelenggarakan fungsi yaitu :
1). Pengkajian, pengujian dan bimbingan penerapan standar pembenihan dan pembudidayaan ikan laut.
2). Pengkajian standar dan pelaksanaan sertifikasi sistem mutu dan sertifikasi personil pembenihan serta pembudidaya ikan laut.
3). Pengkajian sistem dan tata laksana produksi dan pengelolaan induk penjenis dan induk dasar ikan laut.
4). Pelaksanaan pengujian pembenihan dan pembudidayaan ikan laut.
5). Pengkajian standar pengawasan benih, pembudidayaan serta pengendalian hama dan penyakit ikan laut.
6). Pengkajian standar pengendalian lingkungan serta sumber daya induk / benih ikan laut.
7). Pelaksanan sistem jaringan laboratorium pengujian, pengawasan benih dan pembudidayaan ikan laut.
8). Pengelolaan dan pelayanan sistem informasi dan publikasi pembenihan dan pembudidayaan ikan laut.
9). Pelaksanaan urusan tata usaha dan rumah tangga.
            Sebagai penjabaran dari salah satu fungsi Balai Budidaya Laut Lombok yaitu sebagai pelayanan informasi dan publikasi, maka untuk melakukan penyebaran teknologi budidaya laut, dilakukan melalui sarana pembuatan leaflet, jurnal, petunjuk teknis, penyelenggaraan pelatihan, magang, ahli teknologi melalui mahasiswa praktik dan penelitian. Proses penyebaran teknologi dapat dilihat pada Gambar 6.
BBL
PUBLIKASI
PELATIHAN
MAHASISWA
PKL
MAGANG
PENELITIAN
MAGANG
MAGANG
MAGANG
MASYARAKAT
 






Gambar 4. Proses Penyebaran Teknologi BBL Lombok.

4.4. Sarana dan Prasarana
            Untuk menunjang semua kegiatan di BBL Lombok dapat berjalan lancar, maka haruslah tersedia sarana dan prasarana yang memadai. Adapun sarana dan prasarana yang dimiliki oleh BBL Lombok adalah berupa :
1.      Unit Laboratorium Kesehatan Ikan Dan Lingkungan
Laboratorium ini digunakan sebagai tempat pengamatan berbagai penyakit yang menyerang biota atau komuditas yang dibudidayakan. Selain itu, laboratorium ini juga digunakan untuk menyimpan data parameter kualitas air pada media budidaya.
2.      Unit Keramba Jaring Apung (KJA)
Keramba jarring apung merupakan wadah budidaya yang digunakan untuk memelihara ikan kerapu bebek,ikan kakap putih, ikan bawal bintang dan lobster.
3.      Unit Instalasi Air Laut
            Air laut diambil dari laut dengan jarak pipa pemasukan 500 m dari darat menggunakan pompa 10 PK. Terdapat 3 buah pompa yang digunakan secara bergiliran dengan diameter inlet 8,6 dan 4 inchi. Air laut ditampung pada tandon dengan kapasitas 100 ton yang disekat menjadi 2, ruangan pertama untuk menampung air yang baru diambil dan ruangan kedua untuk menampung air yang tersering. Pada sekat tersebut dipasang pipa yang diisi kapas dengan tujuan menyaring air. Setelah melewati tandon ini, air laut baru didistribusikan kemasing-masing heatcry menggunakan pipa berdiameter 4 inchi.
4.        Unit Instalasi Air Tawar
            Air tawar diambil dari tiga buah sumur yang terletak dilokasi perumahan karyawan yang berjarak sektar 400 m dari lokasi perkantoran. Dengan pompa 250 watt, air dialirkan ke bak plastik kapasitas 2 m³ yang berjumlah 4 buah, 2 buah terletak diareal perkantoran, 1 buah terletak di perumahan karyawan dan 1 buah terletak di dermaga.
5.      Unit Instalasi Aerasi
            Untuk memenuhi kebutuhan oksigen, digunakan 3 blower yang memilki daya 7,5 PK dengan diameter outlet 3 inchi yang terletak jadi satu dengan pompa.
6.      Unit Instalasi Listrik
            Untuk memenuhi kebutuhan listrik dalam kegiatan budidaya di BBL Lombok, pasokan listrik disuplai dari 2 sumber, yaitu suplai listrik dari PLN dan dari Generator Set (Genset). Suplai listrik dari PLN memiliki daya 140 KVA, 380 volt sedangkan suplai listrik dari genset digunakan sebagai cadangan saat listrik padam. Genset yang digunakan ada 3 buah yaitu genset besar berkekuatan 150 KVA yang digunakan saat malam hari dan 2 buah genset kecil yang berkekuatan masing-masing 50 KVA merek Deutch.
7.      Unit Kantor
Gedung kantor BBL Lombok merupakan pusat kegiatan balai yang bersifat administrasi. Gedung ini memiliki beberapa ruangan diantaranya, ruang kepala balai, tata usaha, pelayanan teknis, jabatan fungsional, devisi finfish, divisi non finfish dan sebuah aula serta beberapa kamar mandi.
8.      Unit Asrama
            Asrama merupakan salah satu fasilitas yang disediakan oleh BBL Lombok untuk mendukung kegiatan kunjungan, praktek, magang maupun penelitian yang dilakukan oleh pihak luar seperti mahasiswa atau tamu yang berasal dari balai lain.
9.      Unit Perumahan Karyawan
            Perumahan karyawan terletak satu komplek dengan asrama. Semua karyawan BBL Lombok yang sudah berstatus PNS tinggal dirumah tersebut, sedangkan karyawan yang masih berstatus CPNS beberapa tinggal di asrama auat bangunan lainnya. BBL Lombok memiliki 27 unit rumah dinas.
10.  Unit Musholla
            Bangunan ini merupakan tempat beribadah karyawan-karyawan balai yang berada dekat dengan rumah jaga. Musholla ini dilengkapi dengan tandon air tawar dan sebuah ampliplayer.
11.  Unit Koperasi
            Koperasi ini terletak dekat dengan musholla dan rumah jaga yang menjual berbagai macam kebutuhan sehari-hari bagi karyawan BBL Lombok.
12.  Unit Rumah Pompa
            Rumah pompa merupakan bangunan yang digunakan untuk meletakkan pompa agar terhindar dari hujan dan sinar matahari. Di dalam gedung ini juga disimpan 3 buah blower untuk memenuhi kebutuhan kegiatan budidaya kerapu dan tiram mutiara.
                 


BAB V.  HASIL DAN PEMBAHASAN
5.1 Koleksi Sampel
            Sampel diambil dari bak pendederan di wilayah pembudidayaan dimana saat itu banyak ikan yang sakit dan mati. Sampel yang diambil sebanyak 4 ekor ikan kakap beserta air budidayanya. Alat yang digunakan untuk membawa sampel dari bak menuju lab yakni box steroform sedangkan untuk airnya menggunakan botol aqua. Setelah di lab ikan kemudian diidentifikasi baik secara morfologi maupun anatomi dan diukur panjang maupun bobot tubuhnya. Setelah itu dilakukan pengujian kualitas air dari wadah budidaya sampel tersebut.




                                    Gambar 5. Sampel Ikan Kakap
5.1.1.  Identifikasi Sampel
5.1.2. Isolasi Jaringan
            Setelah diidentifikasi, sampel kemudian dibedah pada bagian kepalanya. Tidak semua sampel yang dibedah namun hanya ada 2 ekor yang dibedah.         Pada kasus VNN jaringan tubuh ikan yang diambil yakni berasal dari bagian otak dan mata (untuk ikan besar) dan seluruh bagian kepala untuk larva hal ini dikarenakan karena VNN termasuk golongan virus yang menyerang system saraf dan retina mata  ikan laut yang dikenal dengan nama Viral Encephalopathy and Retinopathy (VER) (Anonim, 2011). Bagian otak dan mata yang diambil kemudian dimasukkan ke dalam mikrotube khusus PCR.


5.1.3. Isolasi dan Ekstraksi RNA
            Sampel yang didapatkan akan diekstraksi untuk mendapatkan materi genetiknya (RNA). Ekstraksi ini diawali dengan penambahan 500 µl RNA extraction solution. Pemberian RNA extraction solution dikarenakan VNN termasuk dalam golongan virus RNA. Kemudian larutan tersebut digerus dengan pellet pestle steril dan diinkubasi pada suhu (25-300C) selama 5 menit setelah itu diberi 100 µl chloroform dan di vortex kembali. Inkubasi ini bertujuan untuk mengkondisikan lingkungan untuk tumbuh dan berkembang  biak sehingga virus dapat tumbuh dan menunjukan karakteristik sesuai dengan yang dikehendaki, sedangkan pemberian chloroform dapat membantu menghilangkan penghambat PCR yang terdapat pada larutan ekstrak metode ini akan menghasilkan lapisan air yang mengandung asam nukleat (Theophilus, B.D.M. 2008). Sampel kemudian diinkubasi kembali dalam suhu 25-300C selama 2-3 menit selanjutnya di sentrifugasi  pada kecepatan 12.000 rpm selama 15 menit. Sentifugasi bertujuan untuk memisahkan berat jenis larutan sehingga nantinya dapat dipisahkan dimana berat jenis yang lebih kecil akan naik ke atas. Setelah di sentrifugasi fase cair yang ada dibagian atas dipindahkan sebanyak 200 µl ke dalam mikrotube dengan ditambahkan 200 µl isopropanol dan divortex (dicampur) selama 20 detik. Sentrifugasi kembali pada kecepatan 12.000 rpm selama 10 menit kemudian buang cairan pada bagian atas. Hasil akhirnya kemudian dicuci dengan alkohol 75 % sebanyak 500 µl dan disentrifugasi kembali pada kecepatan 9000 rpm selama 5 menit. Kemudian buang alkohol absolute dan keringkan. Padatan yang ada kemudian dilarutkan dengan 200 µl ddH2O (aquabides).
5.2 Amplifikasi
            Amplifikasi merupakan reaksi pelipatgandaan cDNA target secara in vitro sehingga dapat dideteksi dengan elektroforesis (Anonim, 2011). Sebelum dilakukannya amplifikasi terlebih dahulu disiapkan formulasi reaksi first PCR dan nested PCR untuk sejumlah reaksi yang mana terdiri dari 1 kontrol positif berat, 1 kontrol positif sedang atau 1 kontrol positif ringan, 1 kontrol negatife dan sejumlah sampel. Komposisi pereaksi untuk first PCR dan nested PCR tercantum dalam tabel dibawah ini.
Tabel 2. Komposisi pereaksi untuk first PCR (RT-PCR reaction)
No.
Pereaksi
Jumlah atau Volume Pereaksi
1.
Premix RT-PCR
7 µl
2.
IQzyme 2 unit/µl
0.5 µl
3.
RT-enzyme mix
0.5  µl

Tabel 3. Komposisi pereaksi untuk nested  PCR
No.
Pereaksi
Jumlah atau Volume Pereaksi
1.
Premix nested PCR
14 µl
2.
IQzyme 2 unit/ µl
1 µl

            Formulasi reaksi yang dibuat kemudian ditambahkan ke dalam sampel dimana 2  µl sampel ditambahkan 8 µl pereaksi first PCR dalam mikrotube ukuran 0.2 ml. Proses ini juga dilakukan pada kontrol positif dan negatife kemudian dilakukan proses amplifikasi dengan siklus seperti tabel di bawah ini.
Tabel 4. Pengaturan suhu dan siklus Thermocycler reaksi first PCR.
No.
Suhu
Lama
Jumlah Siklus
1.
420C
30 menit
1 siklus
2.
940C
2 menit
3.
940C
30 detik
15 siklus
4.
620C
30 detik
5.
720C
30 detik
6.
720C
30 detik
1 siklus
7.
200C
7 menit

            Setelah reaksi first PCR selesai ke dalam setiap mikrotube ditambahkan 15 µl pereaksi nested PCR dan dilanjutkan dengan amplifikasi dengan siklus pada tabel 4 berikuti ini.
Tabel 5. Pengaturan suhu dan siklus Thermocycler reaksi nested PCR.
No.
Suhu
Lama
Jumlah Siklus
1.
940C
20 detik
30 siklus
2.
620C
20 detik
3.
720C
30 detik
4.
720C
30 detik
1 siklus
5.
200C
7 menit

Pada kasus VNN proses ampilifikasi dilakukan dengan 2 jenis pereaksi yakni first PCR dan nested PCR hal ini dikarenakan VNN termasuk dalam virus jenis RNA (Anonim, 2011). Sedangkan dalam proses PCR yang diperbanyak adalah materi DNA sehingga perlu diubah terlebih dahulu dari RNA menjadi DNA dengan bantuan pereaksi first PCR pada proses ampiflikasi pertama. Dalam reverse transcription (RT)-PCR reaction atau perekasi first PCR, sebaliknya, untai RNA pertama-tama di transkrip balik menjadi DNA komplemen (complementary DNA, atau cDNA) menggunakan enzim reverse transcriptase, dan cDNA yang dihasilkan akan digandakan sepertihalnya PCR pada umumnya dengan kata lain transkripsi balik dimana RNA ditranskrip balik menjadi cDNA menggunakan enzim reverse transcriptase dan primer (Anonim, 2011). Kemudian setelah proses RT-PCR dilanjutkan dengan proses nested PCR dimana adalah suatu teknik perbanyakan (replikasi) sampel DNA menggunakan bantuan enzim DNA polymerase yang menggunakan dua pasang primer untuk mengamplifikasi fragmen (Anonim, 2011).
Pada proses amplifikasi terjadi beberapa tahapan yakni denaturasi, annealing dan pemanjangan dimana semua proses tersebut dipengaruhi oleh suhu dan waktunya. Pada suhu 94-950C DNA mengalami denaturasis (pembelahan untai ganda menjadi untai tunggal). Waktu yang diperlukan untuk proses ini sekitar 30 detik pada suhu 950C atau 15 detik pada suhu 970C. Apabila DNA target mengandung banyak nukleotida G/C suhu denaturasi dapat ditingkatkan. Denaturasi ini merupakan proses yang penting dimana jika proses ini tidak lengkap akan menyebabkan renaturasi secara cepat, sedangkan waktu denaturasi yang terlalu lama dapat mempengaruhi kerja enzim taq polymerase dan mempengaruhi keberhasilan proses PCR. Apabila suhunya diturunkan antara 36-720C terjadi proses penempelan primer (annealing) yang merupakan penempelan primer pada DNA yang telah terbelah pada tempat yang spesifik. Bila suhunya dinaikan lagi sampai 720C, maka primer dengan bantuan enzim DNA polymerase akan membentuk untaian DNA sesuai dengan runutan DNA yang terbelah proses ini disebut elongasi (extention). Extention adalah pemanjangan primer dengan bantuan enzim polymerase sehingga akan terbentuk 2 buah DNA untai tunggal baru. Umumnya setelah proses siklus PCR selesai ditambah post elongasi selama 5-10 menit pada temperature 720C agar semua hasil PCR berbentuk untai ganda (Muladno, 2003).
5.3 Elektroforesis
Menurut Prasetyo (2009) elektroforesis adalah perpindahan molekul yang bermuatan sebagai respon terhadap medan listrik. Angka perpindahan tergantung pada kekuatan medan listrik, muatan listrik, ukuran dan bentuk molekul, kekuatan ionik, viskositas, dan suhu medium yang digunakan oleh molekul tersebut untuk berpindah. Ada bermacam-macam zat kimia yang digunakan sebagai gel di dalam proses elektroforesis. Penggunaan jenis gel disesuaikan dengan tujuan yang akan dicapai. Pada kesempatan ini hanya dua cara yang digunakan dalam proses elektroforesis yaitu elektroforesis gel agarose (AGE) dengan visualisasi menggunakan ethidium bromide dan elektroforesis gel polyacrilamide (PAGE) dengan visualisasi menggunakan silver staining (Sulandari, Sri, M. Syamsul, 2003).
            Dalam PKL ini bahan yang digunakan yakni elektroforesis gel agarose (AGE) dengan visualisasi menggunakan ethidium bromide. Sebelum berlanjut pada proses elektroforesis pertama-tama disiapkan terlebih dahulu larutan ethidium bromide dan agarose yang mana langkah-langkahnya seperti berikut:
5.3.1 Penyiapan Et Br (Ethidium Bromide)
            Ethidium bromide adalah zat mutagen yang sangat kuat dan dapat menyebabkan kanker. Oleh karena itu dalam menggunakan zat ini harus dilengkapi dengan sapu tangan dan masker sebagai pelindung diri. Etidium merupakan sebuah molekul yang dapat mengikat kuat pada DNA. Etidium juga biasa digunakan dalam biokimia untuk memvisualisasi potong-potongan DNA yang telah di pisahkan pada gel elektroforesis (Anonim, 2011).  Ethidium bromide disiapkan dalam larutan stock 10 mg/ml dalam botol gelap.
5.3.2 Persiapan Agarose
Agarose adalah polimer linier yang tersusun dari residu D-galaktose dan L-galaktose. Agarose yang dibuat sebesar 1,5-2% dalam larutan 1  TAE atau 1  TBE dalam botol gelas kemudian panaskan pada suhu 100-1500C selama 10 menit dalam microwave hingga bening. Setelah dipanaskan kemudian didinginkan hingga suhunya mencapai 600C. Agarose yang cukup dingin dituangkan ke dalam cetakan agarose yang telah dipasangi sisir dan yang perlu diperhatikan saat penuangan yakni menghindari terjadinya gelembung udara namun jika ada gelembung udaranya dapat dibuang dengan menggunakan mikrotip.
Setelah agarose telah terbentuk dan siap digunakan maka berlanjut pada proses elektroforesis dimana 2 µl loading dye disiapkan sesuai jumlah sampel yang ada. Kemudian lakukan preparasi DNA marker, masukan 4 µl  marker dalam sumur gel agarose. Amplicon hasil PCR sebanyak 10 µl  dicampurkan dengan masing-masing loading dye dan masukan 10 µl  campuran tersebut dalam sumur berikutnya. Setelah semua dimasukan dalam gel agarose kemudian alirkan listrik 100 V hingga indikator warna bromphenol blue bergerak ¾ bagian dari panjang gel.
5.3.3. Running DNA
Running DNA berlangsung di dalam gel yang direndam pada larutan buffer. Running DNA ini dibantu dengan adanya aliran listrik pada alat elektroforesis. Dimana DNA di dalam gel mengikuti arus listrik dari kutub negatife menuju kutub positif. Pergerakan ini terjadi dimana fragmen DNA yang lebih kecil berat molekulnya akan berjalan lebih cepat dari molekul DNA yang lebih besar. Setelah menunggu ± 1 jam baru kemudian gel agarose diangkat dan siap menuju tahap selanjutnya.
5.3.4. Pewarnaan DNA
Pewarnaan DNA dengan larutan Et Br ini akan memudahkan kita untuk dapat melihat hasilnya karena biasanya dalam proses ini Et Br dapat memvisualisasikan potongan DNA setelah melalui proses elektroforesis. Pewarnaan dimulai dengan memasukan 0,05 % Et Br dalam wadah plastic bersamaan dengan gel agarose hingga terendam seluruhnya. Digoyang-goyangkan selama 10 menit agar larutan terserap pada gel agarose kemudian diangkat. Untuk menghilangkan Et Br yang tersisa gel agarose direndam kembali dalam aquades selama 10 menit dengan perlakuan yang sama dengan Et Br di atas. Kemudian letakan gel agarose pada UV transilluminator untuk dibaca hasilnya.
5.4. Visualisasi Pita DNA
            Pembacaan pita DNA yang terbentuk dengan menggunakan UV transilluminator dilakukan dengan membandingkan pergerakan pita pada sampel dengan kontrol positif da negatife. Gambar hasil PCR dapat dilihat pada gambar di bawah ini :
    
                                   Kontrol Negatif                Sampel 1.

Dari gambar terlihat antara sampel 1 dan kontrol negatifnya sejajar sehingga dapat disimpulkan bahwa sampel tersebut negative terserang VNN.
5.5. Permasalahan Dalam Metode PCR
Dalam metode PCR dapat juga ditemukan adanya kendala yang dapat menyebabkan kegagalan dalam metode tersebut. Salah satu yang terjadi di Laboratorium Kesehatan Ikan dan Lingkungan Sekotong adalah masalah tegangan listrik yang tidak stabil. Tegangan listrik yang tidak stabil ini berpotensi dalam merusak laju amplifikasi dimana akan berpengaruh dalam pengaturan suhu. Menurut Puspaningrum (2008), penyebab kegagalan PCR yang biasanya terjadi adalah proses denaturasi DNA target atau amplikon yang tidak lengkap oleh suhu yang tidak tepat. Tidak lengkapnya proses denaturasi akan menyebabkan renaturasi secara cepat sedangkan waktu denaturasi yang terlalu lama dapat mempengaruhi kerja taq polymerase. Masalah listrik ini tidak terlalu menjadi masalah yang pokok dalam metode PCR ini hal ini dapat ditanggulangi dengan menggunakan stavol.





           
DAFTAR PUSTAKA

             , 2011. Transfering virus. http:// rizal-bbajujungbatee.blogspot.com/2009/10/transferring-virus.html. Diakses 1 Oktober 2011.
              , 2011. Reaksi PCR. http://reaksi chain polymerase. Blogspot. Com/2007/07/komponen-pcr. Html. Diakses 20 September 2011.

            , 2011. Amplifikasi_Acak_Polimorfisme_DNA. http://id.wikipedia.org/wiki/Amplifikasi_Acak_Polimorfisme_DNA. Diakses 29 November 2011.
 
             , 2011. Betanodavirus. http://viralzone.expasy.org/cgi-bin/viralzone/search?query=betanodavirus&commit=search+virus. Diakses 29 November 2011.

             ,  2011. RT-PCR. http://tophotnews.wordpress.com/?s=RT-PCR. Diakses 29 November 2011.

            , 2011. Nested PCR. http://id.wikipedia.org/wiki/Nested_PCR. Diakses 29 November 2011.

            , 2011. Characterisation of the capsid protein gene from a  nodavirus strain affecting the Atlantic halibut Hippoglossus hippoglossus and design of an optimal reverse-transcriptase polymerase chain reaction (RT-PCR) detection assay. http://www.int-res.com/articles/dao/39/d039p079.pdf. Diakses 29 November 2011.

                  , 2011. Ethidium bromide dan asam nuleat. http://kamulagingapain.blogspot.com/2009/10/ethidium-bromide-dan-asam-nuleat.html. Diakses 29 November 2011.






Bell, G. R., 1978. Investigation of Mortalalities in the field, in: Bagenal, T. (editor). Methods for assessement of production in freshwater. IPB Handbook No.3(Blackwell, Oxford), pp.225-273.

Chi, S. C., 2006. Piscine Nodavirus Infection in Asia. Department of Life Science and Institute of Zoology. National Taiwan University.

Muladno, 2003. Seputar Teknologi Rekayasa Genetika. USESE (Unit for Social and Economic Study and Evaluation), KPP IPB Baranangsiang III F6 No. 18. Bogor.

Nguyen, H. D., K. Mushiake, T. Nakai and K. Muraga, 1997. Tissue distribution of striped jack nervous necrosis virus (SJNNV) in adult striped jack, Faculty of Applied Biological Science, Hiroshima University. Higashihiroshima 739. Japan.

Kordi, K., M. Ghufran, 2007. Budidaya Kerapu Macan. Aneka Ilmu. Semarang.

Prasetyo, A., 2009. Materi Asistensi Biomedik FK UNS. FK UNS. Semarang

Prijanto, Muljati. 1992. Polymerase Chain Reaction (PCR) untuk Diagnosis Human Immunodeficiency Virus (HIV). (http://www.pcr.htm). Diakses 1 Desember 2011.

Puspaningrum, A., 2008. Penerapan Metode. FMIPA UI.  Bogor.

Sarig, S., 1971. Diseases of Warmwater Fishes. TFH Publ., Neptune City New Jersey.

Sulandari, Sri, M. Syamsul, 2003. Panduan Praktis Laboratorium DNA. Bidang Zoologi, Pusat Penelitian Biologi-LIPI. Jakarta.

Theophilus, B.D.M. 2008. Principles and Medical Applications of the Polymerase Chain Reaction. In: Molecular Biomethods Handbook Second Edition. Ed: Walker, J.M., Rapley, R. Humana Press, NJ, USA

Thie´ry, R., J. Cozien, J. Cabon, F. Lamour, M. Baud, and A. Schneemann, 2006. Induction of a Protective Immune Response against Viral Nervous Necrosis in the European Sea Bass Dicentrarchus labrax by Using Betanodavirus Virus-Like Particles, French Food Safety Agency, BP 70, F-29280 Plouzane´, France,1 and Department of Molecular Biology, The Scripps Research Institute, La Jolla, California 920372


Yuasa, K., I. Koesharyani, D. Roza, F. Jhonny, and Zafran. 2011. Manual for PCR procedure : Rapid diagnosis on Viral Nervous Necrosis (VNN) in grouper. Lolitkanta-JICA Booklet. 13. 35 pp.
Yukio, M., Leobert d. De la peña and Erlinda R. Cruz-lacierda, 2007. Susceptibility of Fish Species Cultured in Mangrove, Southeast Asian Fisheries Development Center (SEAFDEC) (Tigbauan 5021, Iloilo, Philippines).
Yuwono, T., 2006. Teori dan Aplikasi Polymerase Chain Reactio. Penerbit Andi. Yogyakarta.


Lampiran 1. Data Atau Informasi Yang Dibutuhkan Selama PKL
·                     Kelembagaan
Ø  Nama pemimpin
Ø  Struktur organisasi lembaga
Ø  Tenaga kerja
Ø  Jenjang pendidikan tenaga kerja
·                     Letak Geografis
Ø  Peta
Ø  Koordinat
Ø  Jarak dari ibukota
Ø  Alamat Lokasi
5.                  Ciri-Ciri Kerapu Yang Terserang VNN
Ø  Fisik
Ø  Tingkah Laku
6.            Isolasi DNA Dari Jaringan Kerapu
Ø  Jaringan yang dianalisis
Ø  Cara isolasi
Ø  Alat dan Bahan
·             Analisis PCR
Ø  Persiapan gel elektroforesis
o   Alat dan Bahan
o   Cara Kerja
Ø  Persiapan PCR
o   Persiapan primer
o   Pencampuran bahan PCR ( Enzim, Buffer, Primer, DNA cetakan)
Ø  Proses PCR
o   Pengaturan suhu
o   Siklus
Lampiran 1. Lanjutan
·         Analisis Gel Elektroforesis
Ø   Cara melihat pita DNA
Ø  Cara membaca ukuran DNA
Ø  Cara menyimpulkan bahwa sampel jaringan telah terserang VNN berdasarkan pita DNA pada gel Elektoforesis.


Lampiran 2. Skema Struktur Organisasi BBL Lombok

Pelaksana Keuangan
Pelaksana Umum
Kasi Pelayanan Teknik
Kasi Standarisasi dan Informasi
Pengelola Perpustakaan
Pelaporan dan Publikasi
Dokumentasi dan Informasi
Koord Jabatan Fungsional
Diseminasi dan Informasi
Administrasi Pelayanan Teknik
Koord Divisi Fin Fish
Koord Divisi Non Fin Fish

Koord Divisi Pakan Alami

Koord Divisi Lab Kesling

Koord Divisi Rumput Laut

Kepala Balai Budidaya Laut Lombok
Kasubag Tata Usaha

 
Pengelola Perpustakaan
Pelaporan dan Publikasi
Dokumentasi dan Informasi
Koord Jabatan Fungsional
Koord Divisi Fin Fish
Koord Divisi Non Fin Fish

Koord Divisi Pakan Alami

Diseminasi dan Informasi
 

1 komentar: